Начало XIX века стало переломным моментом в судьбе кремлевских сокровищ. В 1806 году император Александр I подписал указ О правилах управления и сохранения в порядке и целости находящихся в Мастерской и Оружейной палате древностей . В том же году на месте Троицкого подворья и Цареборисова двора начали возводить специальное здание музея. К 1810 году строительные работы были завершены, главный фасад музея украсили барельефы на темы отечественной истории, а аттик был увенчан статуями выдающихся просветителей России. Архитектор И.В. Еготов сумел не только вписать новое протяженное здание в ансамбль существовавшей Сенатской площади, но и создать между музеем, Троицкой башней и Арсеналом еще одну небольшую площадь Кремля, получившую название Троицкой.

Но сразу разместить музей в новом здании не удалось. В июне 1812 года армия Наполеона перешла границу России. Отступая, русская армия вынуждена была оставить Москву. Царская сокровищница была вывезена в Нижний Новгород. Только в 1814 году, после ремонта, в здании архитектора И.В. Еготова был открыт первый музей отечественной истории, получивший название Московской Оружейной палаты. Перед широкой публикой предстали древние государственные регалии, троны, коронационные одежды, золотая и серебряная посуда, личные царские вещи, старинное оружие, трофеи Полтавской битвы и памятники Отечественной войны 1812 года.

Сожженная, разграбленная, но непокоренная древняя столица вызвала высокие патриотические чувства. Появилось стремление не только поднять город из руин, но и бережно сохранить исторические особенности его застройки и своеобразие архитектурного облика. В возрождении Москвы приняли участие все ведущие зодчие России. В Кремле в прежних формах были восстановлены взорванные стены и башни, Арсенал, Успенская звонница и Филаретова пристройка колокольни Ивана Великого. Постепенно вернулись к жизни опустошенные и оскверненные кремлевские храмы и монастыри.

По указу императора Николая I в 1838-1851 годах в Кремле был возведен в национальном русском стиле новый дворцовый комплекс. Он включил Большой Кремлевский дворец, построенный на месте Зимнего дворца, здание Апартаментов и более удобное и торжественное здание музея - Московской Оружейной палаты. Архитектор КА.Тон вел строительство в границах древнего Государева двора с учетом его исторически сложившихся планировки и застройки. Он сумел композиционно объединить новые здания и уникальные памятники архитектуры ХV-ХVII веков. Впервые строительству предшествовала реставрация древних церквей и палат, а архитектурные формы и декор теремов XVII века в значительной степени определили внешний облик возводимого дворца. Новые здания образовали ансамбль единственной в Москве площади, созданной в стиле историзма. Она получила название Дворцовой, или Императорской. Пространство площади было открыто к Москве-реке и свободно перетекало в Боровицкую улицу, идущую вдоль бровки холма. В панораме Кремля дворцовый комплекс создал сильный акцент, утраченный после сноса Запасного дворца Бориса Годунова. Но при этом он не лишил древнюю Соборную площадь ее исконной роли композиционного центра всего архитектурно-художественного ансамбля.

Пространство к востоку от Соборной площади после сноса приказов оставалось открытым и получило название Драгунского плаца - места, где в XIX в. проходили смотры войск. В 1898 году здесь был открыт памятник Александру II. Статуя императора в полный рост располагалась на пьедестале под сенью высокого шатра. С трех сторон ее окружала галерея с лестницами - сходами к подножию холма. Памятник представлял собой масштабное архитектурное сооружение, которое в какой-то степени вернуло этой части Кремля объемный акцент.

В конце XIX - начале XX века Московский Кремль все больше осознавался как памятник истории и культуры. Все чаще сокровища Оружейной палаты, кремлевских соборов и Патриаршей ризницы участвовали во всероссийских и международных выставках. Потешный дворец XVII в. по существу стал хранилищем музейных ценностей. А в 1912 году в ведение Комитета по организации музея Отечественной войны 1812года было передано здание Арсенала. Не хватило нескольких лет мирной жизни, чтобы этот замысел был осуществлен.

Юбилейным для России стал 1913 год: триста лет освобождению Москвы от интервентов и триста лет Дому Романовых. Последняя дата отмечалась особенно торжественно. В Кремле, в митрополичьих покоях Чудова монастыря, была открыта выставка памятников искусства XVII века, собранных из многих монастырей и храмов России. Она имела столь большой резонанс, что в том же году было принято решение о создании рядом с Кремлем Музея церковной старины и древностей, где предполагалось разместить сокровища Патриаршей ризницы и библиотеки. Осуществить эти планы помешала начавшаяся в 1914 году Первая мировая война. Сама же идея продолжала жить, и к 1916 году она приобрела даже более масштабный характер - превратить весь Кремль в Акрополь искусств и старины . Но следующий 1917 год резко изменил судьбу Москвы и Кремля.