В начале 1947 года музей вновь теряет свою административную самостоятельность. Оружейная палата и музеи-соборы под названием Отдел сохранения исторических ценностей и памятников Московского Кремля становятся одним из структурных подразделений Комендатуры Московского Кремля. Упраздняется должность директора. Н.Н.Захаров переводится на должность заведующего этим отделом. Музей полностью лишался самостоятельного финансирования, делопроизводства, возможности формировать кадровый состав. Решение вопросов учета, хранения, реставрации, экспонирования требовало санкции руководителей Комендатуры, весьма далеких от музейного дела.

После 1953 года начинается процесс изменения общественно- политической ситуации в стране. Судьба кремлевского музея была теснейшим образом связана с этими изменениями. В 1954 году начинается подготовка к открытию Кремля для свободного доступа посетителей. Летом 1955 года Московский Кремль принял первых экскурсантов. С этого времени начинается процесс возрождения музея.

В 1954г. был издан сборник научных трудов Государственная Оружейная палата Московского Кремля под редакцией С.К. Богоявленского и Г.А. Новицкого. Опубликованные в нем статьи научного сотрудника палаты Н.В. Гордеева и бывших ее сотрудников, уволенных в годы репрессий М.М. Постниковой - Лосевой, Т.Г. Гольдберг и др., имели огромное значение для изучения основных коллекций музея и не утратили своей научной актуальности поныне.

В середине 50-х годов создаются новые экспозиции в Оружейной палате и соборах Кремля, разрабатываются методики экскурсоведения. Значительно увеличивается штат музея. Все это подготовило новое, коренное изменение в развитии музея, которое произошло в апреле 1960 года.