Благодаря системе каналов, построенных в составе Великих строек коммунизма, Москва с советских времён заслужила название «порта пяти морей». От Северного и Южного речных вокзалов ходят круизные теплоходы, соединяющие Москву с Санкт-Петербургом, Астраханью, Ростовом-на-Дону и другими городами России[77]. Также осуществляются перевозки по Химкинскому водохранилищу, пригородным линиям. В период навигации на Москве-реке работают несколько маршрутов речного трамвая[78].

Грузовые причалы имеются в Северном, Западном и Южном речных портах. Грузовые речные перевозки по Москве-реке в основном обеспечивают доставку различных насыпных грузов строительного характера; в Южном порту имеется крупный контейнерный терминал[79][