Церковь Двенадцати апостолов была личным, домовым храмом русских патриархов. Древний иконостас церкви не сохранился. Ныне существующий иконостас перенесен в храм в 1929 году из Вознесенского собора Московского Кремля. Он датируется концом XVII - началом XVIII столетия.

В помещении церкви располагается экспозиция икон XVII века, большая часть которых вышла из мастерских Кремля или украшала кремлевские соборы. Экспозиция дает возможность проследить за развитием иконописи XVII века, которое делится на два этапа.

Первый этап (1600-1650-е годы) представлен иконами, воплотившими стремление оживить угасающий дух прежнего великого искусства путем следования древнему художественному канону (линия развития искусства грозненской школы ) и повышенной его эстетизацией (линия искусства строгановской школы ).

Второй этап (с 60-х годов до конца столетия) представлен иконами, воплотившими стремление постепенно отойти от традиционного стиля древнерусской живописи в сторону реалистического искусства.

В экспозиции представлены иконы прославленных царских изографов конца XVII века: икона Федор Стратилат Симона Ушакова, икона Андрей Первозванный Федора Зубова, икона Распятие с апостольскими страстями Федора Рожнова и другие.