Статус музея Мастерская и Оружейная палата получает в соответствии с Указом императора Александра I “О правилах управления и сохранения в порядке и целости в Мастерской и Оружейной палате ценностей” от 10 марта 1806 г. Разработкой концепции, формированием штата и проведением основных мероприятий по созданию музея руководил действительный тайный советник Петр Степанович Валуев. Указ завершил процесс реформирования системы управления кремлевской сокровищницей и стал поворотным пунктом в истории создания музея в Московском Кремле. Он устанавливал правила и нормы, которые позволяют говорить о том, что с этого времени Мастерская и Оружейная палата начинает развиваться как музейное учреждение со всеми присущими ему функциями.

Согласно Правил, запрещалось продавать или выдавать из музея какие либо ценности без особого на то предписания императора. Ответственность за сохранение экспонатов, их перемещения внутри музея, розыск «достопамятностей», ранее выданных из палаты, а также ответственность за штат служащих возлагалась на главноначальствующего над Мастерской и Оружейной палатой П.С. Валуева. Музей входил в ведение Экспедиции Кремлевского строения, которую так же возглавлял Валуев. Однако в силу специфики своей деятельности музей имел свое особое Присутствие - штат чиновников, делопроизводство, финансирование.

Штат палаты состоял из главноприсутствующего (на эту должность был назначен Д.И. Киселев), трех непременных членов, правителя канцелярии и его помощника, секретаря и экзекутора, возглавлявшего 14 присяжных, выполнявших техническую работу и наблюдавших за сохранностью “палатских достопамятностей ... во время публичных обозрений”. Мастеровые, ранее составлявшие значительную часть штата палаты, были полностью выведены из него.

Специальными рескриптами императора назначались почетные члены Мастерской и Оружейной палаты. Как правило, это были известные историки, деятели культуры и коллекционеры, вносившие непосредственный вклад в изучение и комплектование коллекций музея. Среди них можно назвать Н.И.Карамзина, А.И.Мусина-Пушкина, А.Н.Оленина, П.П.Свиньина и др.

В 1807 году выходит в свет издание, предпринятое по инициативе П.С. Валуева, в котором впервые были опубликованы важнейшие коллекции музея - “Историческое описание древнего Российского музея, под названием Мастерской и Оружейной палаты в Москве обретающейся” Составил его первый почетный член музея А.Ф. Малиновский.

В 1806 году по проекту архитектора И.В. Еготова было начато строительство здания для музея. Его сооружение и внутренняя отделка продолжалась до 1812 года. Работа по созданию первой экспозиции музея была прервана начавшейся войной.

Славной страницей в истории музея стало спасение государственной сокровищницы во время оккупации Москвы войсками Наполеона. Сотрудники Мастерской и Оружейной палаты Д.И. Киселев, И.П. Поливанов, И.Н. Давыдов, П.М. Евреинов, И. Галанин и др. сумели упаковать ценности и скрытно вывезти их в Нижний Новгород, а затем во Владимир. Летом 1813 года экспонаты были благополучно возвращены в Москву.

Первая экспозиция музея была открыта лишь в 1814 году, когда его возглавил один из известнейших и влиятельнейших вельмож своего времени, сенатор, член Государственного совета, любитель и собиратель древностей князь Николай Борисович Юсупов.

До августа 1831г. организационная структура и штат музея остаются практически неизменными. Главноприсутствующие Д.И.Киселев , Ф.А.Ушаков , непременные члены палаты, канцеляристы, экзекутор и т.д. осуществляют каждодневную работу по учету и хранению экспонатов, организуют посещение экспозиции музея публикой.