В первой половине XII века на Боровицком холме, где сегодня раскинулся Кремль, возникло славянское поселение, давшее начало городу Москве. Вятичи, вероятно, заново обживали вершину холма. Они освоили и периферию старого городища – мыс горы. Обе части поселка получили замкнутые кольцевые укрепления и, по-видимому, имели внутри культовые центры: верхний – на месте Успенского собора, где обнаружено кладбище XII века и, вероятно, стоял деревянный храм, нижний – “под бором”, где по преданию в это время уже стояла деревянная церковь Рождества Иоанна Предтечи. Именно здесь, на мысу холма, была найдена вислая печать киевского митрополита конца XI века – яркий свидетель того, что поселение было городского типа.

В это время Древнерусское государство переживало сложный этап своей истории - к 30-м годам XII века оно распалось на ряд самостоятельных княжеств. Среди них одним из наиболее сильных было Ростово-Суздальское. Во второй половине XII века его столицей стал город Владимир. На западных рубежах этого княжества и возникла Москва.

В 1147 году суздальский князь Юрий Долгорукий пригласил в Москву своего союзника - новгород-северского князя Святослава. Это событие, отмеченное в Ипатьевской летописи, стало первым упоминанием имени города в исторической хронике Древней Руси. По традиции, от этой даты Москва отсчитывает свой возраст. Через девять лет, в 1156 году, запись в Тверской летописи гласит о том, что владимиро-суздальский князь Юрий Долгорукий заложил крепость Москву в устье реки Неглинной, выше реки Яузы. Новая крепость объединила два укрепленных центра на Боровицком холме в единое целое. Названия рек достаточно точно определяют ее местоположение. Крепость заняла треугольник, расположенный между нынешними Боровицкими, Троицкими и Тайницкими воротами. С напольной стороны деревянные крепостные сооружения, длиной, как предполагают исследователи, около 1200 метров, были защищены валом и рвом. Укрепления отличались редким для русского оборонительного зодчества того времени приемом укрепления подошвы вала с внутренней и внешней стороны деревянными конструкциями, состоявшими из нескольких рядов длинных дубовых бревен, положенных вдоль основания вала и скрепленных своего рода анкерами – лежащими поперек короткими бревнами с сучками-крюками на концах.

В XII-XIII веках все крупные страны Европы переживали период раздробленности. Но на Руси он приобрел особенно длительный характер, так как совпал со страшным бедствием - нашествием монгольских завоевателей.

В 1237-1240 годах полчища хана Батыя прошли по Северо-восточной и Южной Руси. Из семидесяти четырех археологически изученных русских городов того времени сорок девять были разорены и сожжены Батыем. В 1238 году пережила нашествие татар Москва. Рассказ летописца о взятии Москвы, об уничтожении всего населения города, от младенцев до стариков, о страшных пожарах и разрушениях полон скорби и сострадания. И все же город выжил, начал постепенно восстанавливаться и расти.