Закон требует обязательного использования Знамени только в нескольких важнейших городских церемониях: при вступлении в должность Мэра Москвы, принятии присяги депутатами городской Думы, вручении Знака и Почетной Грамоты Почетному гражданину города Москвы.

Знамя города Москвы будет попеременно находиться в здании, где размещается Мэр и Правительство Москвы и в здании Московской городской Думы, что обусловлено принципом разделения властей. 6 мая 2007 года, в День герба и флага города Москвы, Знамя будет передано из здания Правительства Москвы на один год в здание Московской городской Думы.

Очевидно, что Знамя может быть использовано и на других важных городских мероприятиях, но решение об этом в период нахождения Знамени в здании Мэра и Правительства Москвы будет приниматься лично Мэром Москвы, что подчеркивает высокий статус Знамени.

Церемониал использования городского Знамени пока разработан лишь в общих чертах. Опыт использования Знамени будет нарабатываться с каждой новой церемонией. Разработка церемониала использования Знамени возложена на Геральдическую комиссию города Москвы. Знамя города не предназначено для частого использования и призвано указывать на высокий статус церемонии с его участием.