Древнейшие поселения на месте современной Москвы, вероятно, возникли в те времена, когда начали развиваться торговые и промысловые отношения между севером и югом Русской равнины[29]. Этому способствовало местоположение Москвы на пересечении путей между балтийскими Двиной и Неманом и верхним Днепром к Волге и Дону, кратчайшая дорога между которыми шла долинами рек Москвы и Клязьмы. Здесь и была основана Москва.

Возраст Москвы точно не известен. Первым достоверным летописным упоминанием считается указание Ипатьевской летописи на субботу 4 апреля 1147 года, когда ростово-суздальский князь Юрий Долгорукий принимал в городке под названием Москов своих друзей и союзников во главе с новгород-северским князем Святославом Ольговичем[30]. Тогда Москва была пограничной княжеской усадьбой. В 1156 году Андрей Боголюбский поставил здесь новую деревянную крепость. Уже на рубеже XII—XIII веков Москва начинает играть заметную роль среди городов Северо-Восточной Руси[29].

В начале XIII века Москва впервые становится центром княжества. В 1213 году здесь ненадолго сел на княжение Владимир Всеволодович. В 1238 году, во время монголо-татарского нашествия на Русь, Москва была разграблена и сожжена, а князь Владимир Юрьевич взят в плен и позже убит. Рассказывая о событиях 1238 года, летопись упоминает применительно к Москве «церкви, монастыри, села», что говорит о значении и размерах города.

Даниила Александровичу, младшему сына Александра Невского, часто называют первым московским князем, так как именно Даниил Александрович стал основателем династии московских князей, правивших сначала княжеством, а потом и всей Русью вплоть до конца XVI века. При Данииле владения Москвы расширились, к ним были присоединены Коломенское и Переяславль-Залесское княжества.

Возвышение Москвы в первой половине XIV века напрямую связано с монголо-татарским владычеством на Руси. Юрий Данилович (1303—1325) стал первым московским князем, получившим ярлык (разрешение Орды) на великое княжение владимирское, а Иван Калита подкрепил великокняжескую власть правом сбора дани с русских земель для передачи Золотой Орде, это обстоятельство стало одним из серьёзных факторов укрепления позиций Московского княжества. В 1325 году в Москву из Владимира перенес свою резиденцию митрополит киевский и всея Руси Петр, после чего Москва стала одним из основных центров православия.

Иван Калита (1325—1340) сумел накопить значительные богатства, и купил целый ряд земель: Углич, Галич Мерский, Белоозеро; установил свой (и ордынский) контроль над многими другими территориями. При Калите в Москве развернулось масштабное строительство, появились первые каменные здания (до той поры город был полностью деревянным)[31]. В 1339 году Московский Кремль был обнесен новыми стенами и башнями из дуба.

После пожара 1365 года князь Дмитрий с боярами решил ставить каменную крепость. Она была возведена с исключительной быстротой в 1367—1368 годах, причем площадь защищенной территории заметно расширилась — периметр стен увеличился. Тогда же был построен каменный мост через реку Неглинную. С этих пор Москву начинают назвать белокаменной. Помимо укреплений Кремля — самой мощной тогда крепости в Северо-Восточной Руси, оборонительная система Москвы во времена Дмитрия Донского и его преемника Василия Дмитриевича (1389—1425) дополнилась кольцом монастырей на подступах к городу.

В правление Дмитрия Донского Москва взяла на себя роль объединителя русских земель в борьбе с монголо-татарами. Дмитрию удалось нанести Орде два серьёзных поражения: в битве на реке Воже (1378) и в Куликовской битве (1380). Однако он не сумел спасти Москву от разорения. В 1382 году хан Тохтамыш взял город, подверг его разраблению и сжег, оставив, однако, ярлык на великое княжение за московским князем. В последующие годы разрушения были устранены, город отстроился и укрепился.

Вторая четверть XV века стала для Москвы беспокойным и разрушительным временем большой феодальной войны, победителем из которой вышел князь Василий Васильевич Темный (1425—1462, с перерывами). После падения Константинополя (1453) выросло значение Москвы как религиозного центра.