Деятельность Московского Дома фотографии началась в 1994 году во время подготовки Первого международного месяца фотографии в Москве Фотобиеннале-96 . В 1996 году первый российский музей, специализирующийся в области фотографии и осуществляющий комплексную программу, направленную на развитие отечественного фотоискусства, обрел юридическую самостоятельность. Московский Дом фотографии - единственный в России музей, который выбрал стратегию фестивалей и больших проектов. Эффективность этой стратегии продемонстрировали Первый и Второй международные месяцы фотографии в Москве Фотобиеннале-96 и Фотобиеннале-98 . Сотни выставок, организованные в самых престижных музеях и выставочных залах столицы, создали необходимую критическую массу культурного события. Фестивали не только получили успеху публики и прессы, они восстановили художественную и социальную значимость феномена фотографии в российском общественном сознании. После долгого перерыва были открыты ценнейшие архивы старой фотографии, впервые в Москву привезли столь обширные и звездные зарубежные выставочные программы.

Моделью для создания Московского Дома фотографии стал Европейский Дом фотографии в Париже. Это крупнейший фотографический институт Европы, основанный и функционирующий под личным патронажем Президента Франции г-на Ширака. Европейский и Московский Дома фотографии реализуют совместные проекты, осуществляя программу в рамках Протокола Соглашения о культурном сотрудничестве между мэриями Москвы и Парижа.

Музей заново открывает и возвращает к жизни русское фотографическое наследие. В планах музея - возвращение шедевров русской фотографии, оказавшихся за рубежом в те годы, когда на родине ими никто не интересовался. Музей также занимается и популяризацией искусства фотографии.