Родился в Москве в семье чиновника. Окончил историко-филологический факультет Московского университета. Автор исследований по отечественной истории, профессор. С 1905 г. - большевик. В 1908-1917 гг. - в эмиграции.

С начала сентября 1917 г. - в Москве. Его избирают в состав Московского Совета рабочих депутатов, членом редколлегии Известий Московского Совета рабочих депутатов . В дни октябрьско-ноябрьских боев - сторонник решительных действий, противник переговоров с Комитетом общественной безопасности, член Московского военно-революционного комитета.

14 ноября 1917 г. на объединенном пленарном заседании двух Советов рабочих и солдатских депутатов были избраны единый Исполком и Президиум Моссовета, ставший руководящим органом исполнительной власти в городе. Председателем Президиума стал М.Н. Покровский. В тот же день новый Президиум принял постановление По вопросу о снятии Советов . Было решено иметь в объединенном Совете рабочую и солдатскую секции. Председателем Президиума рабочей секции был избран П.Г. Смидович, солдатской - С.Я. Будзынский.

М.Н. Покровский руководил национализацией крупных предприятий, передававшихся в ведение Моссовета, борьбой с саботажем и спекуляцией, созданием нового аппарата власти, обеспечением населения продовольствием. Участвуя в переговорах с немецкой делегацией в Брест-Литовске, решительно выступил против линии Л.Д. Троцкого, провозгласившего, что советское правительство из войны не выходит, армию демобилизует, но мира на германских условиях не подпишет. 5 марта 1918 г., выступая с докладом на Московской партийной конференции, заявил, что подписанный мирный договор с Германией не следует соблюдать. Проявил много энергии в формировании частей Красной Армии в Москве.

С образованием 11 марта 1918 г. Совнаркома Москвы и Московской области М.Н. Покровский стал его председателем. С мая 1918 г. - заместитель наркома просвещения РСФСР. Неоднократно избирался членом ВЦИК и ЦИК СССР. Академик (1929). Член ЦКК ВКП(б) в 1930-1932 гг.

Похоронен на Красной площади у Кремлевской стены.