19—22 августа 1991 года в городе произошёл Августовский путч, организованный ГКЧП. К 1993 году конституционно-государственный кризис, возникший в результате противостояния президента и парламента, достиг своей кульминации. 3—4 октября 1993 г. произошли попытка захвата телецентра «Останкино» и расстрел здания Верховного Совета («Белого дома»). Затем в городе произошли значительные перемены. В 1995 году были утверждены новые официальные символы столицы — герб, флаг и гимн города. Началось восстановление храмов, строительство полномасштабной копии взорванного большевиками Храма Христа Спасителя.

В конце 1990-х—начале 2000-х гг. город впервые столкнулся с угрозой международного терроризма. В Москве произошло несколько террористических актов.

В последние годы в Москве прошло много международных культурных и спортивных мероприятий.

В двухтысячных годах город переживает капитальное архитектурное[37] преобразование. Город серьёзно перестраивается — строятся многоэтажные офисные здания, современная транспортная инфраструктура, элитное жилье, возник новый деловой центр — район «Москва-сити»[38]. В то же время, отмечается, что этот «строительный бум» приводит к разрушению исторического облика города, уничтожению архитектурных памятников и сложившейся городской среды[39][40][41]. Серьёзную проблему представляет недостаточно развитая транспортная инфраструктура, приводящая к автомобильным «пробкам» и перегруженности общественного транспорта.