Социально - экономические перемены, произошедшие в России в последнее десятилетие ХХ века, привели к необходимости внесения ряда существенных изменений в систему управления музеем и в его статус.

Во исполнение Указа Президента Российской Федерации от 7 апреля 2001 г. разрабатывается и Постановлением Правительства от 19 июля 2001 г. утверждается “Устав федерального государственного учреждения “Государственный историко-культурный музей-заповедник “Московский Кремль”.

В соответствии с новым Уставом неизменными остаются основные функции музея - хранение, изучение и популяризация музейных предметов и коллекций. Музей остается самостоятельной некоммерческой организацией в ведении Министерства культуры, однако Правительство Российской Федерации принимает на себя функции учредителя музея как особо ценного объекта культурного наследия народов России, обеспечивая правовые и материально-технические условия его деятельности, необходимые для сохранности, целостности и неотчуждаемости фондов музея.

Для осуществления общего руководства музеем вводится должность Генерального директора. В апреле 2001г. на нее назначается Елена Юрьевна Гагарина. Руководство научной, экспозиционно-выставочной и научно-методической деятельностью возлагается на научного руководителя музея. На эту должность был назначен Алексей Константинович Левыкин. Назначение Генерального директора и научного руководителя производится Правительством Российской Федерации по представлению Министерства культуры России.